日本政府は２３日夜、北朝鮮が韓国西方沖の延坪島を砲撃したことを受け、首相官邸で関係閣僚会合を開き、対応を協議した。菅直人首相は(1)北朝鮮の今後の動向の情報収集に努める(2)米韓両国と緊密に連携する(3)国民の安全確保に努める―よう指示した。この後、記者会見した仙谷由人官房長官は北朝鮮の行為を「許し難い。強く非難する」と強調、韓国政府の立場を全面的に支持すると表明した。

仙谷長官は会見で「現時点で、国民生活に直ちに影響を及ぼす事態ではないと認識している」として、国民に冷静な対応を呼び掛けた。また、北朝鮮に対する追加の制裁措置を検討する考えを明らかにした。

北朝鮮による砲撃について、仙谷長官は「挑発行為」と指摘し、「偶発的な事件ではない」との見方を示した。北朝鮮核問題をめぐる６カ国協議に関しては、「北朝鮮がベクトルを逆向きにしている」と述べ、協議開催は困難との認識を示した。さらに、事態の推移を見た上で、首相が李明博韓国大統領と電話で会談することも検討する方針を示した。

これに先立ち、首相は官邸に仙谷長官や伊藤哲朗内閣危機管理監らを集め、「不測の事態」に備えて政府全体として準備するよう指示。この後、首相は「しっかり情報を把握して、どういうことが起きても対応できるよう備える。国民に備えは万全と言える態勢をつくりたい」と記者団に語った。

日本政府は２３日午後３時２０分、官邸の危機管理センターに情報連絡室を設置、現地の情報収集と分析に当たった。仙谷長官は同日夜、官邸に権哲賢駐日韓国大使を呼び、日本政府の立場を説明し、砲撃の犠牲者への弔意を伝えた。仙谷長官は会見で、権大使からは「現時点ではさらに（事態が）発展、拡大するというニュアンスの話はなかった」と説明した。